[테크홀릭] SK하이닉스가 경기 이천시와 성남시 분당구등 사업장이 있는 관할 지방자치단체를 상대로 세법개정으로 적용 받지 못했던 400여 억원에 달하는 법인지방소득세 공제분을 환급해달라고 제기한 소송이 해당 지방자치단체의 항소심 불복에 따라 대법원으로 향하게 됐다.

13일 재계와 법조계 등에 따르면, 수원고법 제1행정부(재판장 이광만)는 지난달 10일 SK하이닉스가 이천시장과 분당구청장을 상대로 제기한 '법인지방소득세 경정거부처분 취소' 항소심에서 원고의 청구를 기각한 1심 판결을 번복해 SK하이닉스의 손을 들어줬다.

SK하이닉스는 SK그룹에 인수되기 전인 2009 사업연도부터 2013 사업연도까지 실적 악화로 법인세가 최저한세액에 미치지 못해, 당시 지출했던 연구·인력개발비에 대해 조세특례제한법(조특법)상 '세액공제' 혜택을 받지 못했다.

그러다가 SK하이닉스는 2014년 1월 시행되기 전의 조특법 제144조(세액공제액의 이월공제)에 근거, 공제받지 못한 금액을 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 해에 이월하는 방식으로 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지 법인세를 세액공제해 납부했다.

하지만 2014년부터 새로 시행된 지방세법과 지방세특례제한법 때문에 국세 성격인 법인세와 별도로 사업장이 속한 관할 지자체에 내야 하는 '법인지방소득세(법인지방세)'를 공제하는 과정에서 문제가 발생했다.

개정 이전인 2013년말까지 지방세법에서는 법인지방세가 법인세의 10%로 일괄 공제가 적용됐다. 당시 법인지방세의 과세표준은 '법인세액'이었다. 하지만 2014년 1월부터 시행된 지방세법 개정안에 따라 법인지방세의 산정 방식이 '법인세 과세표준'을 그대로 따르는 독립세 방식으로 바뀐 것이다.

이 때문에 SK하이닉스는 법인세 과세표준을 그대로 적용한 독립세 기반의 법인지방세를 2014~2017 사업연도까지 신고·납부했다. 앞서 2009~2013 사업연도에 받지 못했던 연구비 등에 대한 이월공제를 적용하지 못하게 된 것이다.

뒤늦게 SK하이닉스는 2018년 10월 이천시와 분당구를 상대로 이월공제 받지 못한 세액을 돌려달라고 환급 신청을 냈지만 지자체들은 모두 거절했다.

지난해 9월 1심에서는 "지방세법 개정으로 세액공제받지 못한 연구비 등에 대한 이월공제분을 환급해달라"는 SK하이닉스의 경정청구(과다납부한 세액을 바로잡아 달라고 요구하는 행위)를 거부한 이천시와 분당구의 처분이 적법하다며 재판부는 SK하이닉스의 청구를 모두 기각했다.

그러나 지난 6월 열린 항소심에서 이광만 판사는 "개정 지방세법 부칙 제15조(일반적 경과조치)는 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 납세자의 신뢰보호를 위해 종전 규정이 적용되도록 하는 특별규정으로 기능한다"며 SK하이닉스의 경정청구를 거부한 이천시와 분당구의 처분이 위법하다고 판결했다.

이와 관련, SK하이닉스 관계자는 "대법원 판결을 기다리는 상황"이라며 "법원이 진행하는 상황을 저희가 자세히 알 수 없다"고만 전했다.

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이승필 기자  thtower1@techholic.co.kr

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